Task
dasar dalam menganalisa data biologi molekuler diantaranya
adalahmultiple sequence alignment (MSA) dan inferensi pohon filogenetik.
Kualitas pohon filogenetik tergantung pada kualitas MSA. Hidden markov
model(HMM) merupakan salah satu metode yang cukup baik untuk
menghasilkan MSA, tetapi untuk sequencedengan similarityyang rendah,
metode ini akan menghasilkan MSA yang kurang optimal .Dalam tesis ini,
dilakukan penelitian terhadap alternatif yang dapatdilakukan dalam
melakukan multiple alignmentterhadap sequence proteindengan
similarityyang rendah menggunakan HMM, sehingga hasil MSA dapatdijadikan
input dan menghasilkan pohon filogenetik yang lebih akurat.
